Pondok pesantren adalah suatu lembaga pendidikan tertua di Indonesia, khususunya di Padang Lawas Utara. Lembaga pondok pesantren di Indonesia sekitar sejak masuknya ajaran agama Islam ke Indonesia. Sebagian orang tua sudah mempercayai lembaga pendidikan pondok pesantren itu sendiri karena di dalam pondok pesantren sudah pasti akan diajarkannya etika, perilaku sopan santun kepada orang tua dan berbuat baik kepada sesama. Lembaga pendidikan Islam di pondok pesantren sama hanya sama seperti lembaga – lembaga yang ada, hanya bedanya tempat, cara belajar, mata pelajaran dan jadwal belajarnya, di pondok pesantren bisa diartikan sebagai tempat, yang dimaksud dengan tempat adalah tempat para santri.

Dalam kamus besar bahasa Indonesia, pesantren diartikan sebagai asrama, tempat santri, atau tempat murid – murid belajar mengaji. Sedangkan menurut istilah pondok pesantren adalah lembaga pendidikan Islam di mana para santri biasanya tinggal di pondok yaitu (asrama). Dengan materi pengajaran di pondok pesantren adalah kitab – kitab kuning bertujuan untuk menguasai ilumu agama Islam secara detail, serta mengamalkannya sebagai pedoman hidup, dengan mengenakan moral dalam kehidupan bermasyarakat di sekitar lingkungannya.

Dalam lembaga pendidikan Islam di Pondok Pesantren Thoiyibah Islamiyah Hutaraja dalam pondok pesantren sudah pasti diajarkan cara disiplin dan bertanggung jawab atas dirinya sendiri, diajarkan untuk mandiri dan tidak bergantung pada orang lain. Pendidikan ini sudah ada sejak puluhan tahun sejak berdiri pesantren ini. Pendidikan Islam dalam membentuk akhlak manusia sudah dilakukan pendirinya hingga pimpinan sekarang. H. Amran Saleh Siregar.

Di dalam pondok pesantren itu terdapat Kiai (pendidik) yang dapat mengasuh pondok pesantren itu dan mengajar dan mendidik para santri atau yang disebut peserta dididik, dengan sarana masjid atau kelas untuk menyelenggarakan pendidikan tersebut, serta didukung adanya tempat asrama atau tempat tinggal para santri.